ユリウス・カエサルがクレオパトラ7世に贈った〝世界で最も美しいジュエリー“・・・〈光の首飾り〉に〈真紅のルビー〉を埋め込んだ究極の宝物・・・【クリムゾン・ハート】。それはかつて何者かによって盗み出され、以来、歴史の闇に消え去った。そして現代。ルビーと首飾りそれぞれの所有者=東洋・西洋を代表する2人の大富豪が互いの秘宝を狙い合っていた。アジアの闇社会を牛耳るMr.プラムックと、かつて怪盗ルパンの相棒として名を馳せた老盗賊・ドーソン。インターポールの銭形警部は、世界中の泥棒たちがドーソンの邸宅に集合するという情報を入手。ドーソンは、大盗賊団=ザ・ワークスのリーダーであったが引退を表明し、その場で次期リーダーを発表するらしい。次々集まる名だたる泥棒たちの中には、国際指名手配犯・ルパン三世の姿もあった。そこにはルパンの仲間である峰不二子、マイケル・リーや、ドーソンの用心棒・次元大介も・・・だが、この会合を混乱に陥れることを狙ったプラムックは、ルパンをライバル視するマイケルを操って、ドーソン暗殺に成功。首飾りを手に入れて、ついに【クリムゾン・ハート】を完成させた。ドーソンの遺志を継ぎ、秘宝奪還を誓うルパン。そのありかは、地図に載らないジャングルにあり、地雷原と武装兵によって守られる難攻不落の要塞型セキュリティシステム―その名も【方舟(ジ・アーク)】。ルパン三世は、次元大介、峰不二子、石川五エ門とともに、この「絶対不可能」なミッションに挑む!