幕末...。京都に突如としてゾンビが現れた! ある夜、新選組の名を縦に、放蕩の限りを尽くすお荷物隊士“屑山下衆太郎"は、ばったり出くわしたゾンビに噛まれてしまう。新選組観察方の“山崎蒸"らが駆けつけ、棒術の達人である一番組見習い“火藤純"の活躍もありゾンビを捕縛。屑山も救出され一命はとり留めたものの、脈も心臓の鼓動もない死人の状態だった。一方、輸送中のゾンビに逃げられた武器商人カウフマン商会は、新選組に捕縛されたゾンビを取り戻すために、腕利きの殺し屋“唐人エックス"を差し向ける。徐々にゾンビへと変貌していく屑山下衆太郎、迫りくる唐人エックス、時を同じくして、京の町にもゾンビ感染が蔓延し、脅威となりつつあった...。はたして、生き残るのはゾンビか?新選組か?映画史上ありえなかった夢のバトルロワイヤルが始まる..!